《哆啦A夢：牧場物語》的故事開始於大雄思考著暑假自由研究的主題，某日發現了一顆奇妙的種子，並帶回家種植。沒想到種子竟眨眼間成長茁壯，還突然颳起大風也將大雄一行人捲起，飛往神秘大樹聳立的「萬物鎮」。為了尋找回到原本世界的方法，大雄一行人開始了牧場生活。